连云港综合保税区于2018年5月31日经国务院批复由连云港出口加工区整合优化设立。

连云港综合保税区规划面积为2.97平方公里，分为徐圩新区片区、连云港经济技术开发区内原有的连云港出口加工区片区等三个片区，其中徐圩新区片区面积0.53平方公里，原连云港出口加工区片区面积分别为1.93平方公里和0.51平方公里。