2022年，海门区公路货物运输量684万吨，下降5.0%，公路货物周转量136522万吨公里，下降6.2%；水路货物运输量30万吨，增长25.0%，水运货物周转量11251万吨公里，增长15.7%。公路客运量23万人，旅客周转量417万人公里。等级公路为2473.28公里，其中，一级公路366.75公里，二级公路175.16公里，三级公路325.68公里，四级公路1605.69公里。汽车保有量为29.61万辆，增长6.2%，其中，小型汽车26.55万辆，增长5.5%。个人汽车保有量为25.04万辆，增长1.7%。

通吕运河位于海门区北侧，长28.2千米，通航能力为500吨；浒通河位于海门西侧，长17千米，通航能力为300吨；灵甸河位于海门区东侧，长21.5千米，通航能力为300吨。

沪苏通铁路、宁启铁路，海启高速、宁启高速公路、启扬高速。苏335线、苏336线、苏222线穿过海门区。