公路

204国道、328国道和宁通一级公路将崇川区和全国公路网相连。

铁路

南通火车站位于崇川区以北的港闸区站前二号路。宁启铁路位于江苏省中部，是国家“八纵八横”铁路主通道之一的组成部分。南通铁路正在加紧建设中，它向北经徐州、向南经上海与全国铁路网相连。南通铁路港口专线穿过开发区，并将在开发区内设港前站。

水运

崇川区与南通港主港区及南通集装箱码头仅一路之隔。南通港是中国十大海港之一，是万吨巨轮驶入长江后的长江北岸的第一个可停靠的“江中海港”，是长江水上中转的重要枢纽和物资集散地，最大靠泊能力为5万吨。由长江溯流而上，可达上游七省（市）；由长江顺流而下，出江入海，可达中国沿海各省市，并通航世界65个国家和地区的178个港口。

航空

南通兴东机场位于南通市东北方向，通州区兴东镇境内，距南通市区约9.8千米，占地面积约3000亩，于1992年底竣工，次年投入使用，距离上海约100千米，在机场西南端3.5千米处有宁启高速和沿海高速入口，贯通苏通大桥和崇启大桥。

以崇川为中心，在90分钟的时空半径内有五座机场可以通达，分别是：南通机场20分钟、上海虹桥机场60分钟、无锡硕放机场70分钟、上海浦东机场90分钟、扬州泰州机场90分钟。