公路

秦淮区境内有104国道、宁杭公路、沪宁高速公路、沪蓉高速公路、南京绕城公路等穿境而过；南北向的干道有中山南路、洪武路、中华路、太平南路、长白街、龙蟠中路、解放路、御道街、苜蓿园大街、友谊河路、银龙路、双麒路、王府大街、莫愁路、汉西门大街、虎踞南路；东西向的干道有中山东路、汉中路、淮海路、石鼓路、秣陵路、户部街、常府街、瑞金路、后标营路、白下路、建邺路、大光路、光华东街、紫金路、象房村路、建康路、升州路、光华路、石杨路等。

铁路

秦淮区境内有光华门站、中华门站，宁芜铁路穿境而过。

地铁

南京地铁1号线、2号线、3号线在秦淮区内交汇。