港口

中国内河最大外贸港——新生圩外贸港拥有散货、液体等各类万吨级泊位15个，辐射78个国家和地区的188个港口。

中国内河最大集装箱港——龙潭深水港拥有万吨级泊位3个，集装箱年吞吐能力100万标箱，建有B型保税物流中心。

铁路

南京城北铁路环线直通开发区，并通过华东最大的货运编组站——尧化门编组站，与津浦、沪宁、皖赣铁路干线相连。南京火车站距开发区约15分钟车程；亚洲最大铁路客运站南京高铁南站距开发区约25分钟车程；沪宁城际铁路在开发区旁设有仙林站，实行高密度、公交化运营。

航空

开发区离中国第五大空港——南京禄口国际机场约40km，驱车30分钟即可抵达，机场现已开通直达美国、德国、日本、韩国、新加坡、中国台湾地区、中国香港地区等国家和地区的100多条国内、国际客货航线。

公路

南京长江二桥穿区而过，栖霞大道和二桥高速公路将开发区与南京绕城公路、机场高速以及南京市周围六条国道（宁沪、宁杭、宁马、宁合、宁连、宁通高速）连为一体，形成立体交叉的现代化陆路运输网络。

城市交通

区内多条公交线路直达主城区。

地铁1号线在开发区周边设有站点，地铁2号线直达南京液晶谷。