开发区对外对内交通便捷。对外，水路运输、航空运输、陆路运输四通八达；对内，11条公交线路穿过江宁开发区，7条来往于南京市中心和江宁开发区之间，建设中的南京地铁一号线南延穿区而过。

水路运输

南京港位于中国沿长江、东部沿海T型经济发展战略带结合部和水运、公路、铁路主要运输通道交汇点，是长江三角洲地区的主枢纽港、国家大型一类交通运输企业。东距吴淞口347公里，经长江入海，可与世界各大洲相连，辟有至美国、日本、香港、欧洲、东南亚等共十几条国际航线。 西达巴蜀，三千吨船舶可上溯至武汉等地。津浦、沪宁、宁皖赣三条铁路干线在此与铁路相接；312、104、205、328四条国道以及沪宁、宁连、宁通等。 南京港辖区范围100公里，港口现拥有万吨级泊位14个；千吨级泊位51个；浮筒泊位16个；各类船舶147艘；各类装卸运输机械设备343台套；仓库59338平方米；堆场面积477878平方米。港区铁路18公里，拥有长江最大的外贸港区、原油港区和煤炭港区。 从到港船型看，既有百吨、千吨轻舟，又有万吨巨轮，2.5万吨级海轮可以常年通航；航线设置，共有内河、沿海及远洋航线一百多条；港口的功能，既有货物的江海、管水、水铁、水公等多种换装方式，又有旅客进出、旅游，保税仓库、运输，船货代理，房地产，外轮理货，港机制造，港务工程，广告音像，港区加工等多元产业。 港口采用了先进的通讯导航系统和现代化的计算机信息系统，以及完善的质量保证系统，确保货物运输安全、及时、经济、完整。 四季通航的秦淮河穿过开发区，直通黄金水道——长江；中国最大的内河港——南京新生圩港，距开发区仅20公里。

陆路运输

公路——全南京市不仅建成了多条通往市外的高速和一级公路，而且实现了“城市成网、城外成环、交通便捷、四通八达”的立体交通框架，从根本上改变了南京交通运输的分布格局，使南京的交通运输更加方便快捷。 南京现有国家级公路4条（104、205、312、328），省级公路9条，县、乡公路和专用公路近2000条，总里程达6800多公里，公路密度达96公里/百平方公里，基本形成干支相连，城乡贯通的公路网络。 沪宁高速公路为苏南地区乃至整个长江三角洲增加了一条便捷的陆上黄金通道。 宁高、雍六高速公路和高望、浦泗公路等如期建成，在全省率先实现县县通高速公路，全市向外辐射的高等级公路框架已经形成。 开发区公路纵横交错，104国道、机场专用高速公路、宁常公路穿区而过，与开发区周围的沪宁高速公路、312国道、宁马高速公路连接成网，尤其是被誉为“南京第一路”的绕城公路，离开发区只有1公里；开发区有宁溧路、机场高速公路、将军路三条通往市中心的快速通道。 铁路蜒南京中华门火车站，距开发区仅7公里。 南京的铁路处于华东第一通道的咽喉区域，南京长江大桥和华东地区最大的电气化、机械化的现代化货物列车编组站，沟通了大江南北的铁路和公路网，津浦、沪宁、宁铜、皖赣4条铁路干线交汇于此，连接着全国各主要铁路干线和各大中城市，成为连接华中、华东、华北地区的重要铁路枢纽，铁路运输量逐年增长，并实现了客货运输全面提速。 旅客列车（含中转）辐射面达北京、上海、广东、新疆、黑龙江等20多个省、市、自治区。

地铁——南京地铁一号线直达开发区，并设有4个站点。

航空运输

华东地区较大的客货两用国际机场——南京禄口国际机场就在开发区南侧7.5公里处。 南京禄口国际机场开通了国内、外（地区）54个城市的85条航线，其中先后开通了南京至韩国、日本、泰国、新加坡、德国、美国等国际客运和香港、澳门等地区客运航线，南京至韩国、南京至新加坡、美国和南京至泰国、荷兰等国际货运航线。