2021年，淮阴区交通运输、仓储和邮政业增加值19.63亿元，可比价增幅5.6%。

铁路

新长铁路过境，淮安火车站位于区内，火车站已开行直达南通、北京、哈尔滨、成都、重庆、青岛、兰州、太原、西安等方向列车。

公路

京沪高速公路、沈海高速公路、宁连高速公路、盐徐高速公路和205国道、305省道穿淮阴区境而过。

截至2022年末，淮阴区辖区公路总里程为1986.511千米，公路密度达1.52千米/平方千米。其中干线里程：一级路81.782千米，二级公路17.974千米。农路公路里程：淮阴区农村公路一级公路7.820千米、二级公路266.011千米、三级公路128.143千米、四级公路1484.143千米。 

水运

京杭大运河、淮沭河、盐河、古黄河、张福河在淮阴区内交汇。

截至2022年末，淮阴区航道总里程173.02千米。其中，三级航道23.89千米，六级航道73.04千米，等外航道72.92千米，专用航道3.17千米。拥有货运船舶126艘。