公路

截至2019年，建邺区境内有主要道路有江东快速路、应天大街、梦都大街、扬子江大道、南京绕城高速公路等快速通道，水西门大街、集庆门大街、汉中门大街、江东中路、奥体大街、河西大街等主干道，长虹路、北圩路、燕山路、富春江西街、富春江东街等次干道，莫愁湖东路、纪念馆东路等支路。

航运

截至2019年，建邺区境内有南京港梅子洲港区一个港区。

南京港是亚洲最大内河港口，是中国沿海的主枢纽港和对外开放一类口岸，也是长江流域水陆联运和江海中转的枢纽港，处于铁路、公路、管道、航空和水运的交会点，是长三角唯一实现集装箱铁路与水路无缝对接的港口，已成为中国华东地区及长江流域江海换装、水陆中转、货物集散和对外开放的多功能江海型港口，也是中国连结全球的江海转运综合枢纽。